ФБУЗ "Центр гигиены и эпидемиологии в Алтайском крае" является некоммерческой организацией - федеральным бюджетным учреждением здравоохранения Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. Центр входит в единую федеральную централизованную систему органов и учреждений, осуществляющих государственный санитарно-эпидемиологический надзор.